These got lost in the merge, moves, and Makefiles modifications for the new directory organisation.

Modify all base apps Makefiles according to the new subdirectory scheme

Move all base apps to a base subdirectory in apps. This prepares for merge of modules branches, which will instead have their own subdirectory, preventing the hasle of cherry-picking common code to each and every branch. Warning : Makefile modifications according to these moves will be in the next commit !